Создан в 1898 г. К. С. Станиславским и Вл. И. Немировичем-Данченко под названием Художественно-Общедоступный театр. С 1901 года — Московский Художественный театр (МХТ), с 1919 г. — академический (МХАТ).

Открылся 14 октября 1898 спектаклем «Царь Фёдор Иоаннович» А. К. Толстого в здании театра «Эрмитаж» (Каретный ряд, 3). С 1902 располагается в Камергерском переулке, в здании бывшего Лианозовского театра, перестроенного в том же году (архитектор Ф. О. Шехтель). Это здание в Камергерском — дар театру от легендарного мецената Саввы Морозова.

Началом Художественного театра считают встречу его основателей Константина Сергеевича Станиславского и Владимира Ивановича Немировича-Данченко в ресторане «Славянский базар» 19 июня 1897 года, когда во время многочасовой беседы были сформулированы принципы нового театра и программа его создания.

Ядро труппы составили воспитанники драматического отделения Музыкально-драматического училища Московского филармонического общества, где актёрское мастерство преподавал Вл. И. Немирович-Данченко (О. Книппер, И. Москвин, Вс. Мейерхольд, М. Савицкая, М. Германова, М. Роксанова, Н. Литовцева), и участники спектаклей руководимого К. С. Станиславским Общества любителей искусства и литературы (М. Лилина, М. Андреева, В. Лужский, А. Артем). Из провинции был приглашен А. Вишневский, в 1900 году в труппу принят В. Качалов, в 1903 году Л. Леонидов.

Подлинное рождение МХТ связано с драматургией А. П. Чехова («Чайка», 1898; «Дядя Ваня», 1899; «Три сестры», 1901; «Вишнёвый сад», 1904) и М. Горького («Мещане» и «На дне», оба — 1902). В работе над этими спектаклями сформировался новый тип актёра, тонко передающего особенности психологии героя, сложились принципы режиссуры, добивающейся актёрского ансамбля, создания общей атмосферы действия. Московский Художественный театр — первый в России театр, осуществивший реформу репертуара, создавший собственный круг тем и живший последовательной их разработкой от спектакля к спектаклю. Среди лучших спектаклей МХТ также «Горе от ума» А. С. Грибоедова (1906), «Синяя птица» М. Метерлинка (1908), «Месяц в деревне» И. С. Тургенева (1909), «Гамлет» У. Шекспира (1911), «Мнимый больной» Мольера (1913) и др. С 1912 при МХТ для подготовки актёров в принципах мхатовской школы стали создаваться студии. В 1924 из этих студий в труппу вошли А. К. Тарасова, М. И. Прудкин, О. Н. Андровская, К. Н. Еланская, А. О. Степанова, Н. П. Хмелёв, Б. Н. Ливанов, М. М. Яншин, А. Н. Грибов, А. П. Зуева, Н. П. Баталов, М. Н. Кедров, В. Я. Станицын и другие, которые наряду с вступившими в МХТ Б. Г. Добронравовым, М. М. Тархановым, В. О. Топорковым, М. П. Болдуманом, А. П. Георгиевской, А. П. Кторовым, П. В. Массальским стали выдающимися мастерами сцены. Из студий вышли также молодые режиссёры — Е. Б. Вахтангов, Н. М. Горчаков, И. Я. Судаков, Б. И. Вершилов.

Сплотив вокруг себя молодых авторов, театр приступил к созданию современного репертуара («Пугачёвщина» К. А. Тренёва, 1925; «Дни Турбиных» М. А. Булгакова, 1926; пьесы В. П. Катаева, Л. М. Леонова; «Бронепоезд 14–69» Вс. Иванова, 1927). Яркое воплощение получили постановки классики: «Горячее сердце» А. Н. Островского (1926), «Безумный день, или Женитьба Фигаро» П. Бомарше (1927), «Мёртвые души» по Н. В. Гоголю (1932), «Враги» М. Горького (1935), «Воскресение» (1930) и «Анна Каренина» (1937) по Л. Н. Толстому, «Тартюф» Мольера (1939), «Три сестры» Чехова (1940), «Школа злословия» Р. Шеридана (1940).

В 1938-м уходит из жизни Станиславский, в 1943-м — Немирович-Данченко. Фактически из рук Немировича театр получили два выдающихся актёра: Николай Хмелёв был назначен художественным руководителем, Иван Москвин занял место директора. Им на смену в 1946 году пришёл Михаил Кедров с его фанатичной преданностью системе Станиславского. Впоследствии руководство театром взял в свои руки художественный совет, состоявший из ведущих актёров МХАТ.

В годы Великой Отечественной войны поставлены «Фронт» А. Е. Корнейчука, «Русские люди» К. М. Симонова, «Офицер флота» А. А. Крона. Среди спектаклей последующих лет — «Последняя жертва» Островского (1944), «Плоды просвещения» Л. Н. Толстого (1951), «Мария Стюарт» Ф. Шиллера (1957), «Золотая карета» Л. М. Леонова (1958), «Милый лжец» Дж. Килти (1962).

Но, несмотря на отдельные удачи, в 60-х гг. театр находился в кризисе. В репертуар всё чаще включались пьесы-однодневки, не безболезненно проходила смена поколений. Положение усугублялось тем, что любая критика официально ставшего государственным театра не допускалась. Желание выйти из кризиса побудило старейших актёров МХАТ пригласить в 1970 в качестве главного режиссёра воспитанника Школы-студии МХАТ, создателя театра «Современник» Олега Ефремова, сумевшего в 70-х гг. вдохнуть новую жизнь в театр. Им были поставлены «Последние» М. Горького (1971), «Соло для часов с боем» О. Заградника (совместно с А. А. Васильевым, 1973), «Иванов» (1976), «Чайка» (1980), «Дядя Ваня» (1985) Чехова. Одновременно глубоко разрабатывалась и современная тема. Постоянными авторами театра стали А. И. Гельман («Заседание парткома», 1975; «Мы, нижеподписавшиеся», 1979; «Скамейка», 1984, и др.) и М. М. Рощин («Валентин и Валентина», 1972; «Эшелон», 1975; «Перламутровая Зинаида», 1987, и др.), ставились пьесы М. Б. Шатрова, Л. С. Петрушевской. В труппу вошли И. М. Смоктуновский, А. А. Калягин, Т. В. Доронина, А. А. Попов, А. В. Мягков, Т. Е. Лаврова, Е. А. Евстигнеев, О. П. Табаков, Е. С. Васильева, А. А. Вертинская, С. А. Любшин, Ю. Г. Богатырёв, О. И. Борисов, И. С. Саввина, Н. М. Тенякова, С. Ю. Юрский; над спектаклями работали художники Д. Л. Боровский, Б. А. Мессерер, В. Я. Левенталь и др. Но постоянно разраставшуюся труппу становилось трудно объединить. Необходимость предоставлять работу актёрам вела к компромиссам и в выборе пьес, и в назначении режиссёров, что приводило в свою очередь к появлению явно проходных работ. В 80-х гг. был поставлен ряд значительных спектаклей крупными режиссёрами — А. В. Эфросом («Тартюф» Мольера, 1981), Л. А. Додиным («Кроткая» по Ф. М. Достоевскому, 1985), М. Г. Розовским («Амадей» П. Шеффера, 1983), К. М. Гинкасом («Тамада» А. М. Галина, 1986) и др., но общей творческой программы в театре не было. Разлад в театре привёл к конфликту. В 1987 коллектив разделился на две самостоятельные труппы: под художественным руководством Олега Ефремова (с 1989 Московский Художественный академический театр имени А. П. Чехова; Камергерский переулок, 3) и Татьяны Дорониной (Московский Художественный академический театр имени М. Горького; Тверской бульвар, 22).

После смерти О. Н. Ефремова в 2000 г. художественным руководителем МХАТ им. А. П. Чехова становится Олег Табаков, взявший курс на обновление репертуара и самый активный поиск новых форм, имён, литературы. Ставки сделаны как на классику — «Кабала святош», «Вишнёвый сад», «Белая гвардия», «Господа Головлёвы», «Гамлет», «Король Лир», «Тартюф», «Трёхгрошовая опера», «Мастер и Маргарита», «Зойкина квартира», «Карамазовы», «Три сестры», так и на современную отечественную и зарубежную драматургию. Значительно обновляется труппа, среди тех, кто вошёл в неё: О. М. Яковлева, А. Н. Леонтьев, А. Б. Покровская, Б. Г. Плотников, В. М. Хлевинский, Д. Ю. Назаров, Н. Д. Чиндяйкин, М. Г. Голуб, А. А. Белый, А. Е. Кравченко, И. С. Пегова, из Саратова приглашены В. А. Краснов, С. В. Сосновский, из Петербурга — К. Ю. Хабенский, М. Е. Пореченков, М. Н. Трухин. Художественный театр активно взаимодействует с Театром п/р О. Табакова, в мхатовских постановках участвуют многие артисты «подвального» театра (и наоборот), включая Е. В. Миронова, С. В. Безрукова, А. И. Смолякова. К созданию спектаклей привлекаются лучшие силы современной режиссуры — А. Я. Шапиро, С. В. Женовач, К. С. Серебренников, В. Л. Машков, М. Карбаускис, Ю. Н. Бутусов, М. С. Брусникина, Е. А. Писарев, К. Ю. Богомолов, В. Н. Рыжаков. В 2001 году открывается третья — Новая — сцена театра, предназначенная специально для экспериментальных постановок.

В 2004 году театр вернулся к историческому названию — Московский Художественный театр (МХТ), исключив из наименования слово «академический».

Весной 2018 г., после ухода из жизни О. П. Табакова, Художественный театр возглавил Сергей Женовач, режиссёр, исповедующий принципы русского психологического театра, сформулированные основателями МХТ.

28 октября 2021 года в должность художественного руководителя МХТ вступил Константин Хабенский.